Tendo presente as características do tecido empresarial nacional e a necessidade de uma actuação especializada face a diferenciados estádios de desenvolvimento e grau de inserção no mercado global, foram criados 3 Sistema de Incentivos:
SI I&DT – Sistema de Incentivos à Investigação e Desenvolvimento Tecnológico nas Empresas, que visa intensificar o esforço nacional de I&DT e criar novos conhecimentos com vista ao aumento da competitividade das empresas, promovendo a articulação entre estas e as entidades do Sistema Cientifico e Tecnológico (SCT);
SI Inovação – Sistema de Incentivos à Inovação, que visa a inovação no tecido empresarial, pela via da produção de novos bens, serviços e processos que suportem a sua progressão na cadeia de valor e o reforço da sua orientação para os mercados internacionais, bem como do estimulo ao empreendedorismo qualificado e ao investimento estruturante em novas áreas com potencial crescimento;
SI Qualificação PME – Sistema de Incentivos à Qualificação e Internacionalização de PME, que visa a promoção da competitividade das PME através do aumento da produtividade, da flexibilidade e da capacidade de resposta e presença activa no mercado global.